Действие происходит после возвращения Наруто в Коноху. Он всеми силами пытается вернуть Саске,который еще в первом сезоне ушел к Орочимару. В деревне Листа ходят слухи о том,что Орочимару хочет совершить великий поход на деревни такие как Коноха,Суна и Хоши,объединившись с Кумо,Кири и Ива. Поэтому Тсунаде крайне внимательно рассматривает моменты так называемой политики между деревнями,чтобы вовремя начать оборонительную позицию.
Орочимару действительно собирается атаковать Коноху и Суну,преждевременно объединившись с Кумо,Ива и Кири. Прошлый поход на Деревню Листа для Змеиного саннина обошелся неудачно. Хотя он и убил третьего Хокаге,но он не захватил и не уничтожил Деревню. Хоши-Деревня скрытой Звезды помогает Конохе,предлагая ей свою помощь против Орочимару. Тсунаде согласилась,что если что,так она обратится к Деревне за помощью. Кроме того сама Хоши теперь начинает напоминать собой организацию после множества набегов вражеских шиноби из других деревень.
Шиноби Суны несколько раз пытались выследить Акацук,не без помощи Конохи. На последнем набеге на логово,была практически разрушена статуя Бога,в которой содержались души демонов. Демоны вырвались на свободу и вернулись в своих обладателей. Теперь Гаара,из которого был вытащен Шуукаку,стал вести себя более агрессивней,а Нии пытается уничтожить собственную деревню,однако Орочимару берет Нии к себе для опытов. Организация красной луны занимается слежкой за самым лакомным демонюком-Кьюби. Наруто,ни о чем не догадывающийся,просит Тсунаде вновь составить поход к логову Орочимару за Саске,но Пятая категорически отказалась,тогда в голове блондина постепенно зреет план и он сбегает из деревни вместе с Сакурой и Саем,который тоже увязался с ними за Учихой. Однако по пути его встречают Акацуки. И практически в тоже время Орочимару начинает движение на деревни.